Διαχειριστής του Ταμείου έχει οριστεί το Ευρωπαϊκό Ταμείο Επενδύσεων (ΕΤαΕ). Στις αρμοδιότητες του Διαχειριστή περιλαμβάνονται, μεταξύ άλλων, τα ακόλουθα:
- η επιλογή των Ενδιάμεσων Χρηματοπιστωτικών Οργανισμών που θα υλοποιήσουν το Ταμείο·
- η παρακολούθηση της υλοποίησης και ιδιαίτερα των δανείων που συμπεριλαμβάνονται στο χαρτοφυλάκιο κάθε Ενδιάμεσου Χρηματοπιστωτικού Οργανισμού·
- η καταβολή της εγγύησης στους Ενδιάμεσους Χρηματοπιστωτικούς Οργανισμούς σε περίπτωση μη εξυπηρετούμενων δανείων·
- η παροχή αναφορών προς την ΕΥΔ ΠΑΑ σχετικά με την πορεία υλοποίησης του Ταμείου.