Διαχειριστής του Ταμείου έχει οριστεί η Ελληνική Αναπτυξιακή Τράπεζα (ΕΑΤ). Στις αρμοδιότητες του Διαχειριστή περιλαμβάνονται, μεταξύ άλλων, τα ακόλουθα:
- η επιλογή των Ενδιάμεσων Χρηματοπιστωτικών Οργανισμών που θα υλοποιήσουν το Ταμείο·
- η παρακολούθηση της υλοποίησης και ιδιαίτερα των δανείων που συμπεριλαμβάνονται στο χαρτοφυλάκιο κάθε Ενδιάμεσου Χρηματοπιστωτικού Οργανισμού·
- η καταβολή της συνεισφοράς του Ταμείου, της επιδότησης επιτοκίου και της συμβουλευτικής υποστήριξης στους Ενδιάμεσους Χρηματοπιστωτικούς Οργανισμούς·
- η παροχή αναφορών προς την ΕΥΕ ΠΑΑ σχετικά με την πορεία υλοποίησης του Ταμείου.